Comparison between Oligoryzomys nigripes and O. flavescens by RAPD and genetic diversity in O. nigripes (Rodentia, Cricetidae) / Comparação entre Oligoryzomys nigripes e O. flavescens e diversidade genética em O. nigripes (Rodentia, Cricetidae) por RAPD

The genus of Oligoryzomys includes species of small size, morphologically similar, which may impede taxonomic identification, mainly between O. flavescens (Waterhouse, 1837) and O. nigripes (Olfers, 1818). The main objective of this work was to investigate whether the RAPD markers are capable of genetically differentiating the specimens O. nigripes and O. flavescens, coming from Rio Grande do Sul (RS) and Santa Catarina (SC) states, and also to estimate the genetic variability among populations of O. nigripes, with the Uruguay River as a geographical barrier. For this purpose, samples were collected in fragments of forests situated in the North of RS, at FLONA (Floresta Nacional de Passo Fundo) and in fragments from SC, close to the Uruguay River. The karyotyping of two samples for each species was carried out and compared using the RAPD technique together with non- karyotyped individuals. Samples of O. nigripes presented 2n = 62; NA = 82, with submetacentric arms on the largest chromosomes, while samples of O. flavescens showed 2n = 64; NA = 66, with the largest chromosomes presenting acrocentric morphology, making such a result the main difference between the species. The analysis was able to detect two distinct groups, being the first one with karyotyped O. flavescens and the second with karyotyped O. nigripes. Identification afforded 211 loci, among them 181 (85.78%) polymorphic. The Jaccard similarity coefficient was in the range of 0.45 to 0.87. The UPGMA and Main Coordinate Analysis techniques demonstrated the existence of heterogeneous genetics among populations, but did not separate them completely in terms of geographical standards, and they are not influenced by the Uruguay River, which did not act as an efficient barrier.

O gênero Oligoryzomys inclui espécies de tamanho pequeno, morfologicamente semelhantes, com difícil identificação taxonômica, principalmente entre O. flavescens e O. nigripes. O objetivo principal deste trabalho foi investigar se os marcadores RAPD são capazes de diferenciar geneticamente as amostras de O. nigripes e O. flavescens, oriundas do Rio Grande do Sul (RS) e Santa Catarina (SC) e também para estimar o variabilidade genética entre populações de O. nigripes, tendo o rio Uruguai como uma barreira geográfica. Para este fim, as amostras foram coletadas em fragmentos florestais situados no Norte do RS, na FLONA (Floresta Nacional de Passo Fundo) e em fragmentos florestais de SC, próximos ao Rio Uruguai. O cariótipo de duas amostras de cada espécie foi realizado e comparado com a técnica RAPD em conjunto com indivíduos não cariotipados. As amostras de O. nigripes apresentaram 2n = 62, NA = 82, com braços submetacêntricos nos cromossomos maiores, enquanto que as amostras de O. flavescens mostraram 2n = 64, NA = 66, com os maiores cromossomos apresentando morfologia acrocêntrica, tornando tal resultado a principal diferença entre as espécies. As análises por RAPD foram capazes de detectar dois grupos distintos, sendo o primeiro com O.flavescens cariotipados e o segundo com O. nigripes cariotipados. Foram avaliados 211 loci, e entre eles 181 (85,78%) foram polimórficos. O coeficiente de similaridade de Jaccard variou de 0,45 a 0,87. A análise por UPGMA e análise de coordenadas principais demonstraram a existência de heterogeneidade genética entre as populações, mas não foi possível separá-las completamente em termos de padrões geográficos, e estas não são influenciadas pelo rio Uruguai, o qual não agiu como uma barreira eficiente.

Caracterización molecular de poblaciones venezolanas de Sigmodon hirsutus (Rodentia: Cricetidae)

Molecular characterization of Sigmodon hirsutus (Rodentia: Cricetidae) populations in Venezuela. Recent phylogenetic studies based on cytochrome b gene sequence, have determined that the species historically known as Sigmodon hispidus (Rodentia) from South America comprises a species S. hirsutus of paraphyletic origin. The aim of this study was to test the hypothesis that populations from Venezuela, represent the sensu strict form, ancestral haplotypes, and monophyletic subspecies. For this, 12 individual sequences from three localities of different biogeographic regions in Venezuela were evaluated and sequenced based on cyto b. Additionally, the sequences were used to develop a cladistic analysis and genetic distance calculations, and to compare this information with two individual sequences of Sigmodon specimens available in Genbank. Phylogenetic analyses show that the three populations of S. hirsutus of Venezuela form an ancestral and monophyletic subclade supported by high bootstrap values and significant genetic distance between subclade within the S. hirsutus. Besides, the existence of two lineages suggests two subspecies, S. hirsutus hirsutus from Venezuela, and S. hirsutus mexicanus from Mexico-Central America, but, both species need formal description. Rev. Biol. Trop. 59 (2): 795-807. Epub 2011 June 01.

Recientes estudios filogenéticos basados en la secuencia del gen del citocromo b, han determinado que la especie conocida históricamente como Sigmodon hispidus (Rodentia) en Suramérica incluye una especie S. hirsutus de origen parafilético. El objetivo de este estudio fue probar la hipótesis de que las poblaciones de Venezuela, representan la forma sensu estricto, los haplotipos ancestrales y una subespecie monofilética. La metodología consistió en un análisis cladístico y cálculos de distancia genética, a partir de secuencias de citocromo b en 12 individuos de tres localidades en Venezuela que pertenecen a diferentes regiones biogeográficas, y a su vez compararlas con las dos secuencias disponibles en Genbank de especies del género Sigmodon. Los análisis filogenéticos indican que las tres poblaciones de S. hirustus de Venezuela forman un subclado ancestral y monofilético con el apoyo de valores de bootstrap altos y con significativa distancia genética, entre subclados dentro de S. hirsutus. La existencia de dos subclados dentro de S. hirsutus sugiere dos subespecies, S. hirsutus hirsutus en Venezuela y S. hirsutus mexicanus en México y Centroamérica. Sin embargo, ambas subespecies necesitan una descripción formal.

Genetic diversity and relatedness within and between species of the genus Oligoryzomys (Rodentia; Sigmodontinae)

A RAPD analysis on six species of the rodent genus Oligoryzomys trapped in a wide area (ranging from 01° N to 32° S) of Brazilian territory was performed in order to determine the levels of genetic variability within and between its populations and species. One-hundred and ninety-three animals were collected in 13 different sites (corresponding to 17 samples) located at Pampas, Atlantic Rain Forest, Cerrado, and Amazon domains. Oligoryzomys sp., O. nigripes (8 populations), O. flavescens (4 populations), O. moojeni, O. stramineus, and O. fornesi were the taxa analyzed. Of the 20 primers tested, 4 generated a total of 75 polymorphic products simultaneously amplified in 151 specimens. Various diversity estimators analyzed showed considerable differences between species and populations, indicating a great genetic variation occurring in the Oligoryzomys taxa investigated. A cluster analysis was made using Nei's standard genetic distances, however, it did not correlate the genetic heterogeneity of the species and populations with the geographical areas.

Foram realizadas análises com RAPD em seis espécies de roedores do gênero Oligoryzomys capturados em uma ampla área (estendendo-se de 01° N a 32° S) do território brasileiro com o objetivo de determinar os níveis de variabilidade genética dentro e entre as populações e espécies. Cento e noventa e três animais foram coletados em 13 locais diferentes (correspondendo a 17 amostras) localizados nos Pampas, Floresta Atlântica, Cerrado e Amazônia. Oligoryzomys sp., O. nigripes (8 populações), O. flavescens (4 populações), O. moojeni, O. stramineus e O. fornesi foram as espécies analisadas. Vinte primers foram testados, sendo que quatro deles geraram um total de 75 produtos polimórficos amplificados simultaneamente em 151 exemplares. Várias estimativas de diversidade apresentaram diferenças consideráveis entre as espécies e as populações, indicando uma grande variação genética entre os taxa de Oligoryzomys investigados. As análises de agrupamento utilizando a distância genética de Nei, entretanto, não correlacionaram a heterogeneidade genética das espécies e populações com as áreas geográficas.